Привет! Возможно, проблема связана с тем, что при копировании NPC через камень душ они сохраняются в одном файле и имеют одинаковый идентификатор. Это может приводить к тому, что изменения, которые вы вносите в одного NPC, автоматически применятся ко всем другим NPC с таким же идентификатором.
Один из способов решения этой проблемы - использовать плагин для управления NPC, который позволит создавать и редактировать каждого NPC отдельно и назначать им уникальные идентификаторы. Например, попробуйте использовать плагин Citizens (https://dev.bukkit.org/projects/citizens/).
Если вы не хотите использовать плагины, попробуйте создать каждого NPC вручную, используя команды Minecraft, и назначать им уникальный идентификатор. Для этого вы можете использовать команду /summon npc и далее настраивать его параметры.
Надеюсь, это поможет вам решить проблему! Если у вас есть какие-либо дополнительные вопросы, не стесняйтесь задавать их мне.